Pierwsze wzmianki o Hajnanie pojawiają się w 110 r. p.n.e. za czasów dynastii Han, kiedy to na wyspie założono wojskowy garnizon. Kolonizacja przez przybyszów z lądu postępowała jednak wolno, ponieważ Hajnan długo uznawano za miejsce nieprzystępne, dobre wyłącznie dla zesłańców. W okresie Han chętnie osiedlali się na nim członkowie ludu Li z terenów dzisiejszego regionu autonomicznego Kuangsi, którzy stopniowo zajęli miejsce aborygenów, wywodzących się z ludów malajsko-polinezyjskich.
Pod rządami Królestwa Wu w epoce Trzech Królestw, Hajnan był odrębną komanderią Zhuya (珠崖郡).
W epoce Song, kiedy Hajnan był częścią prowincji Guangxi, na wyspę dotarła pierwsza fala osadników hańskich, którzy osiedlali się głównie na północy wyspy. Pod rządami mongolskiej dynastii Yuan (1206–1368) wyspa była oddzielną prowincją, ale za Mingów została w 1370 r. włączona do prowincji Guangdong. W XVI i XVII w. wyspa przeżyła napływ osadników z prowincji Fujian i Guangdong, którzy zmusili wcześniejszych przybyszów z ludu Li do migracji na wzgórza w południowej części Hajnanu. W XVIII wieku Li zbuntowali się przeciw cesarskiemu rządowi, który do walki z nimi sprowadził najemników z ludu Miao z prowincji Kuejczou. Wielu Miaosów osiedliło się na wyspie, a ich potomkowie mieszkają do dziś w jej zachodniej części.