Buliński, tamże, s. 373.. Z biegiem czasy zakonnicy z Marii Magdaleny coraz bardziej uniezależniali się od macierzystego konwentu i w 1645 roku klasztor Marii Magdaleny stał się odrębnym konwentem. Zależność od klasztoru św. Jakuba podkreślana była daniną płaconą przez klasztor Marii Magdaleny w wysokości 10 złotych. Konwent Mari Magdaleny istniał do 1807 roku, gdy nieliczni zakonnicy zostali przeniesieni do klasztoru św. Jakuba. W 1809 roku utworzono w budynkach klasztornych magazyny, a w 1860 roku kościół św. Marii Magdaleny został rozebrany.
Nieliczne pozostałości wyposażenia kościoła św. Marii Magdaleny zostały przeniesione do kościoła św. Jakuba. Materiał zrujnowanego kościoła posłużył do budowy sandomierskiego Pałacu Biskupiego. Zachowało się jedynie tzw. ucho igielne, czyli furta dominikańska, która łączyła oba klasztory wytyczoną drogą przez Wąwóz Świętojakubski. Zarys fundamentów kościoła Mari Magdaleny jest wybrukowany kolorową kostką na placu przy sandomierskim Urzędzie Miasta, który mieści się w dawnych budynkach klasztornych.