We wrześniu 2002 Vucetich zastąpił Gustavo Vargasa na stanowisku szkoleniowca zespołu Puebla FC. Tam odnosił przeciętne wyniki, nie awansując się do play-offów, lecz władze klubu zdecydowały się przedłużyć z nim wygasający z końcem roku kontrakt. Został zwolniony w marcu 2003, po tym, jak w ośmiu pierwszych kolejkach sezonu jego podopieczni ponieśli aż sześć porażek. W połowie tego samego roku został zatrudniony przez drużynę CF Pachuca, z którą już w pierwszym sezonie – Apertura 2003 – zdobył trzecie w swojej karierze mistrzostwo Meksyku, pokonując w dwumeczu finałowym Tigres UANL (3:1, 0:1). W kolejnych rozgrywkach zespół spisał się znacznie słabiej, odpadając z play-offów już w repasażach, a na koniec sezonu notując serię siedmiu meczów bez zwycięstwa. Wskutek niesatysfakcjonujących występów Vucetich złożył dymisję, która została przyjęta przez zarząd Pachuki.