Od 1839 roku prowadził własną kancelarię adwokacką w Tarnowie. Zakupił również dwa majątki w pilzneńskim: Grudna Dolna i Głobikówka. Podczas rabacji w lutym i marcu 1846 roku przebywał w Tarnowie, co uchroniło go przed niebezpieczeństwem gwałtownych wystąpień chłopskich w regionie. Na fali wzrostu nastrojów patriotycznych w okresie Wiosny Ludów współorganizował w mieście Obwodową Radę Narodową, został również kapitanem Gwardii Narodowej, a od ostatnich dni kwietnia 1848 roku działał jako delegat Tarnowa w Centralnej Radzie Narodowej we Lwowie. Po upadku rewolucji znalazł się pod nadzorem policyjnym i wycofał na jakiś czas z czynnego życia politycznego.
W 1861 roku Klemens Rutowski został posłem I kadencji Sejmu Krajowego Galicji. Ponownie zaangażował się w działalność patriotyczną, uczestnicząc w konspiracyjnych spotkaniach tarnowskiej ławy obwodowej, związanej ze stronnictwem czerwonych. Po wybuchu powstania styczniowego był inwigilowany, a w jego domu przeprowadzano rewizje. W 1864 roku został na kilka miesięcy osadzony w areszcie, który opuścił w listopadzie, gdy umorzono prowadzone przeciwko niemu śledztwo. Wkrótce powrócił do prac w Sejmie Krajowym, a w wyborach do pierwszej autonomicznej Rady Miasta Tarnowa w marcu 1867 roku został wybrany radnym. Objął również stanowisko zastępcy burmistrza, Wojciecha Bandrowskiego.