Nie wiadomo, kiedy kościół ten został ukończony.
Kościół gotycki thumb|Wnętrze katedry. Budowę obecnej katedry podjęto za rządów biskupa Gisico (1287-1300). Katedra została zbudowana w stylu gotyckim z czerwonej cegły, z typowymi dla architektury gotyku ostrymi łukami i sklepieniami. Wybrano cegłę ponieważ była ona tańsza i łatwiejsza w procesie budowania, niż tuf wapienny.
Budowa nowej świątyni zajęła około dwóch stuleci. Gotową świątynię konsekrowano 30 kwietnia 1499. Była to budowla na planie krzyża łacińskiego, bez wieży. Istniejącą nadal kryptę powiększono i umieszczono w niej relikwiarz św. Kanuta, żeby umożliwić przybywającym pielgrzymom oddawanie czci świętemu. thumb|left|Ambona. W katedrze jest pochowany w 1513 król Danii Jan Oldenburg (zm. 1513) oraz jego małżonka, Krystyna saska (duń. Christine af Sachsen; zm. 1521). Oboje byli pierwotnie pochowani w kościele klasztornym franciszkanów w Odense. Okazałą kaplicę grobową zbudował niemiecki rzeźbiarz Claus Berg z Lubeki. Po wyburzeniu kościoła w 1807 kaplicę i doczesne szczątki obojga małżonków przeniesiono do obecnej katedry, gdzie nadal się znajdują.