Jego to właśnie 9 marca król mianował gubernatorem.
Pomimo rozbieżności co do koncepcji organizacji Prus i ich miejsca w Koronie, co do których spór musiał być zresztą odłożony przez trwającą wojnę z zakonem i brak kontroli nad całym włączonym terytorium, współpraca Bażyńskiego z królem przebiegała pomyślnie. Kazimierz IV działał przez swojego namiestnika, a ten sprawował w jego imieniu władztwo wojskowe, kierując toczącą się wojnąKarol Górski, Związek Pruski i poddanie się Polsce, s. 240, 241. i cywilne (potwierdzał np. nawet nadania królewskie). Bażyński rezydował głównie w Elblągu, a po wykupieniu w 1457 r. Malborka przeniósł się do niego.
Sytuację i znaczenie urzędu zmieniła śmierć Jana Bażyńskiego w 1459 r. Król mianował gubernatorem, zgodnie z intencją stanów pruskich, Ścibora Bażyńskiego, najmniej uzdolnionego z pozostałych braci, ale będącego najbliżej JanaKarol Górski, Ścibor Bażyński, Polski Słownik Biograficzny T I.. Stosunki nowego namiestnika z królem nie układały się dobrze. Ścibor nie miał zdolności brata i czuł się przede wszystkim reprezentantem stanów pruskich. Król pomijał swojego namiestnika w zarządzaniu sprawami prowincji, na co ten drażliwie reagowałKarol Górski, Związek Pruski i poddanie się Polsce. s.