Jeszcze inną grupę jezior na kontynencie stanowi ok. 400 jezior podlodowcowych, położonych pod lądolodem Antarktydy i niemających kontaktu z powierzchnią. W 2004 roku znanych było 145 takich zbiorników, odkrytych dzięki obserwacjom radarowym lub satelitarnym. W ciągu następnych siedmiu lat liczba ta wzrosła do 387, stwierdzono także istnienie pod lodowcem sieci rzecznej łączącej część jezior; obserwacje satelitarne ukazały także niespodziewaną dynamikę tego systemu hydrologicznego, w którym jedne zbiorniki wodne napełniają się kosztem innych.
Część spośród jezior podlodowcowych Antarktydy jest pochodzenia tektonicznego i jako takie, należą one do najgłębszych jezior świata. W oparciu o pomiary anomalii grawitacyjnej, głębokość trzech spośród tych jezior jest szacowana na ponad 900 m.
jezioro powierzchniaw km² maksymalnagłębokość w m grubość pokrywylodowej w m położenieWostok 15 690 870 4000 pod rosyjską stacją polarną WostokJezioro 90°E 2000 ~900 2000 Sowietskaja 1600 ~900 2000 pod byłą radziecką stacją polarną SowietskajaConcordia ~800 200 – 300 4000 – 4100 w pobliżu francusko-włoskiej stacji polarnej ConcordiaJezioro Whillansa 50 800 Ziemia Marii ByrdJezioro Ellswortha 28,9 156 3200 Ziemia Ellswortha