Linia S2 Historia 1 lipca 2006 linia S1 została zastąpiona przez linię S2 relacji Warszawa Rembertów – Pruszków. Dzięki tej zmianie korzystało z przewozów znacznie więcej osób. Oceniający zwracali uwagę na stałą w ciągu dnia wysoką frekwencję i przepełnienie w godzinach szczytu. Linia ta pozwalała szybko przejechać całą aglomerację w kierunku prostopadłym do linii metra (bardzo je uzupełniając), gdzie bardzo trudno poruszać się samochodem.
Ze względu na remont tunelu średnicowego pociągi przez pierwsze pół roku kursowały przez stację Warszawa Centralna. 15 stycznia 2007 wróciły na tory lokalne linii średnicowej (Warszawa Stadion – Warszawa Powiśle – Warszawa Śródmieście – Warszawa Ochota).
Od listopada 2006 w wybranych kursach pociągi SKM kursowały na wydłużonej trasie do stacji Warszawa Wola Grzybowska. Od grudnia 2006 pociągi SKM kursowały na trasie Sulejówek Miłosna – Pruszków. Na odcinku Pruszków – Warszawa Ursus i Warszawa Wola Grzybowska – Sulejówek Miłosna obowiązywała 2 strefa biletowa ZTM, natomiast pomiędzy przystankami Warszawa Ursus – Warszawa Wola Grzybowska, 1 strefa biletowa ZTM.