Marko Elsner (ur. 11 kwietnia 1960 w Lublanie, zm. 18 maja 2020 tamżeUmrl je Marko Elsner ) – słoweński piłkarz występujący na pozycji obrońcy. . Jego ojciec Branko był trenerem piłkarskim, a synowie Rok i Luka piłkarzami.
Kariera klubowa Elsner zawodową karierę rozpoczynał w 1977 roku w klubie Olimpija Lublana z Prvej ligi (I liga). W ciągu sześciu lat rozegrał tam 107 spotkań i zdobył 14 bramek. W 1983 roku przeniósł się do Crvenej zvezdy Belgrad. W 1984 roku zdobył z nią mistrzostwo Jugosławii, a w 1985 roku wygrał z nią rozgrywki Pucharu Jugosławii. W Crvenej zvezdzie Elsner grał przez cztery lata. Zagrał tam w sumie w 118 meczach i strzelił 3 gole.
W 1987 roku wyjechał do Francji, gdzie został graczem zespołu OGC Nice. Jego barwy reprezentował przez kolejne trzy lata. W tym czasie zaliczył tam 105 meczów i zdobył 6 goli. W 1990 roku odszedł do austriackiej Admiry Wacker. Po roku powrócił do OGC Nice, gdzie w 1992 roku zakończył karierę.