Wiele uniwersytetów ubiegało się, by Gerhard podjął na nich pracę, jednak księże Jan Kazimierz sprzeciwiał się temu, doceniając jego znaczenie dla swego kraju. Ostatecznie jednak w 1616 roku Gerhard został profesorem na Uniwersytecie w Jenie.
Gerhard pozostał na swym stanowisku w Jenie aż do śmierci, chociaż zapraszano go na wiele innych uniwersytetów. Stał się niekwestionowanym autorytetem wśród niemieckich teologów luterańskich, a książęta wielokrotnie ubiegali się o jego radę.
Działalność teologiczna Największą sławę przyniosły Gerhardowi dwa dzieła. Pierwsze z nich, Confessio catholica, stanowiło apologię ewangelickich wyznań wiary. Drugie dzieło, Loci theologici, dziewięciotomowy podręcznik teologii, stanowiło kompletną dogmatykę ewangelicką. Doktrynę dotyczącą Pisma Świętego zawarł na samym początku dzieła, zgodnie z przekonaniem, że uznanie autorytetu Pisma nie jest artykułem wiary, lecz podstawą innych artykułów. Opowiadał się za całkowitą nieomylnością Biblii, stwierdził nawet, że natchnione są w niej również znaki diakrytyczne. Był znawcą starożytnej i średniowiecznej myśli chrześcijańskiej.