W szczególności jego konto obciążał udział w krwawej pacyfikacji Bydgoszczy, gdzie pod pretekstem walki z rzekomym polskim powstaniem członkowie EG IV zamordowali we współpracy z Wehrmachtem od 500 do 800 mieszkańców miasta (5-12 września). Między innymi, na mocy porozumienia zawartego pomiędzy Beutelem a generałem Braemerem (wojskowym komendantem miasta) armia przekazała do dyspozycji EG IV około 120-150 aresztowanych w mieście Polaków, których na rozkaz SS-Brigadeführera rozstrzelano następnie w pobliskich lasach.
W kolejnych tygodniach funkcjonariusze EG IV dokonywali jeszcze m.in. antyżydowskich pogromów na terenach Mazowsza i Podlasia oraz przeprowadzili w Warszawie masowe aresztowania polskich inteligentów (tylko 8 października zatrzymano 354 warszawskich księży i nauczycieli).
Dalsze losy Kierownictwo RSHA planowało, że po zakończeniu walk w Polsce Beutel obejmie stanowisko komendanta policji bezpieczeństwa i służby bezpieczeństwa (BdS) na terenie nowo utworzonego Generalnego Gubernatorstwa.