Urząd Kontroli Skarbowej był jednostką budżetową, prowadzącą gospodarkę finansową według zasad określonych w ustawie z dnia 27 sierpnia 2009 r. o finansach publicznych (). Działaniami Urzędu Kontroli Skarbowej kierował Dyrektor, który był równocześnie organem kontroli skarbowej i przysługiwały mu niektóre uprawnienia organu podatkowego, jednakże nie był organem podatkowym. Wszystkim pracownikom UKS zatrudnionym na stanowisku inspektora kontroli skarbowej przysługiwały uprawnienia finansowego organu postępowania przygotowawczego, o którym mowa w kodeksie karnym skarbowym.
Cel i przedmiot kontroli Celem kontroli skarbowej jest ochrona interesów i praw majątkowych Skarbu Państwa oraz zapewnienie skuteczności wykonywania zobowiązań podatkowych i innych należności stanowiących dochód budżetu państwa lub państwowych funduszy celowych. Celem kontroli skarbowej jest również badanie zgodności z prawem gospodarowania mieniem innych państwowych osób prawnych, przeciwdziałanie i zwalczanie naruszeń prawa obowiązującego w zakresie obrotu towarowego z zagranicą i obrotu towarami przywożonymi z zagranicy oraz zapobieganie i ujawnianie przestępstw określonych w art.