W grudniu spółka przejęła od Przewozów Regionalnych obsługę połączeń na wyremontowanych liniach z Poznania do Wągrowca i Gołańczy oraz Wolsztyna. Przejęto również połączenie Wągrowiec – Rogoźno na linii nr 206 reaktywowanej po 20 latach w celu zapewnienia komunikacji z Poznaniem mieszkańcom Wągrowca podczas półrocznego remontu linii nr 356. Jednocześnie poinformowano, że relacja Leszno – Gostyń obsługiwana będzie autobusową komunikacją zastępczą, natomiast z Gostynia do Jarocina kursowanie pociągów zostaje zawieszone.
2012 2 stycznia przewoźnik wprowadził bezpłatny informator SMS, który wiadomościami na telefon komórkowy informuje o opóźnieniach czy zmianie rozkładu.
Wraz z 1 marca 2012, Koleje Wielkopolskie całkowicie zawiesiły kursowanie pociągów na trasie Rogoźno – Wągrowiec oraz na trasie Leszno – Gostyń z powodu niewystarczającej ilości środków w budżecie Urzędu Marszałkowskiego. mały|48WE w okolicznościowej okleinie „Poczet władców koronowanych w Gnieźnie” W maju rozpoczęła się budowa pierwszych zespołów Pesa Elf dla Kolei Wielkopolskich. Bydgoskie przedsiębiorstwo deklarowało, że w 2012 zostanie dostarczonych 8 pojazdów, jednak Koleje Wielkopolskie pod koniec grudnia eksploatowały pięć nowych jednostek. Za brakujące trzy Elfy Pesa dostarczyła spółce kolejowej trzy używane elektryczne zespoły serii EN57.