Cesarz Świętego Cesarstwa Rzymskiego 20 marca 1619 roku zmarł cesarz Maciej. Ferdynand został wybrany na króla Niemiec i cesarza rzymskiego 28 sierpnia 1619 we Frankfurcie. Po klęsce pod Białą Górą Czechy były wydane na jego łaskę i zostały szybko spacyfikowane. Poparcie wśród niemieckich protestantów, jakim cieszył się „Zimowy Król” spowodowało przeniesienie wojny do Rzeszy Niemieckiej.
W walkach w Czechach i Niemczech Ferdynand miał po swojej stronie świetnego dowódcę Albrechta von Wallensteina, Czecha z pochodzenia, którego armia prowadziła działania wojenne nie pobierając żołdu w zamian za prawo łupienia podbitych ziem. Wallenstein pokonał Duńczyków, którzy w międzyczasie włączyli się do wojny i Ferdynand ogłosił 6 marca 1629 roku edykt restytucyjny, nakazujący protestantom zwrot części dóbr należących do uprzednio do katolików a zsekularyzowanych po roku 1552. Wówczas do wojny przystąpiła Szwecja rządzona przez Gustawa Adolfa.
Obawiając się rosnącej potęgi Wallensteina i pod naciskiem swoich doradców Ferdynand usunął Wallensteina z dowództwa w roku 1630. Decyzja ta okazała się brzemienna w skutki – Gustaw Adolf pobił Johana von Tillyego, nowego głównodowodzącego wojsk cesarskich pod Breitenfeld, a następnie nad rzeką Lech, gdzie Tilly zmarł od odniesionych ran.