Był członkiem Komisji Zachodnioeuropejskiej PAU i Komisji Historyczno-Literackiej Oddziału Krakowskiego PAN. Po przejściu na emeryturę w 1960 r. poświęcił się przygotowywaniu monografii historycznej Polonii bukowińskiej, wydanej w 1973 r. przez PWN jako Historia Polaków na Bukowinie.
Żonaty z Józefą z d. Węgrzynowską (siostrą stryjeczną Lesława Węgrzynowskiego), a po jej śmierci ze Stanisławą z d. Stopianką (siostrą stryjeczną Romana Stopy). Ojciec trzech synów: Jerzego, Andrzeja i Wojciecha.
Zmarł w 1975 r. w Krakowie i został pochowany na cmentarzu Rakowickim (kwatera FA-wsch-11). mały|Grób Emila Biedrzyckiego na cmentarzu Rakowickim Odznaczenia Srebrny Wawrzyn Akademicki (5 listopada 1938)M.P. z 1938 r. nr 258, poz. 607 „za pracę pisarską i wydawniczą poza granicami kraju, związaną z dziełami Pierwszego Marszałka Polski Józefa Piłsudskiego”., Krzyż Oficerski Orderu Korony Rumunii (Rumunia), Złoty Medal I. kl. „Zasługi na polu oświaty” (Rumunia).