W początkowym okresie działalności zakład budował organy dla odbiorców m.in. w Danii, Niemczech i Szwecji. W 1902 firmę przejął wnuk córki jej założyciela, Johannes L. Zachariassen. Przez pierwsze 100 lat działalności Marcussen & Søn pozostawał pod wpływem barokowej tradycji budowy organów, później natomiast otworzył się na nowinki techniczne (pneumatyka, elektryczność).
W latach 30. XX w. zakład, pod wpływem prądów płynących z Niemiec, zwrócił się ku klasycznej, północnoeuropejskiej tradycji brzmieniowej organów, niezawodnym wiatrownicom klapowo-zasuwowym i prostym trakturom mechanicznym.
Znaczącą rolę w rozwoju zakładu odegrał Sybrand Zachariassen (1900-1960). W wieku 21 lat objął on kierownictwo zakładu i w ciągu kilku dziesięcioleci doprowadził do uzyskania przez zakład pozycji liczącego się wytwórcy mechanicznych organów na świecie. Marcussen & Søn zdobył nowych odbiorców m.in. w USA i Japonii.
Obok działalności wytwórczej zakład zajmuje się również restauracją organów zabytkowych.
W 1994/95 Marcussen & Søn stał się spółką rodzinną. Dołączyła do niego Claudia Zachariassen – od 2002 dyrektor firmy.