thumb|250px|left|Schematyczne przedstawienie dinukleotydu CpG (zaznaczonego kolorem czarnym) na fragmencie nici DNAC – cytozynap – reszta kwasu fosforowegoG – guanina thumb|250px|Dinukleotydy CG (zaznaczone na żółto) występują znacznie częściej w obrębie wysp CpG (sekwencja po lewej) w porównaniu do reszty genomu (sekwencja po prawej) thumb|Schemat metylacji cytozyny i deaminacji powstałej 5-metylocytozyny
Wyspy CpG – regiony w genomie o podwyższonej zawartości dinukleotydów 5’–CpG–3’ w stosunku do przeciętnej dla całego genomu.
Regiony te mają rozmiar powyżej 200 pz (średnio 1000 pz) i zawartość GC powyżej 50%. W obrębie wysp CpG zawartość dinukleotydu CG wynosi około 60–70%; poza nimi dinukleotydy te w DNA ssaków występują rzadko, zajmują około 1% genomu.
Takie wyspy występują przed ok. 60–70% genów człowieka w regionach promotorowych. Zlokalizowanie takich sekwencji w DNA kręgowców pozwala założyć, że najprawdopodobniej tuż za nią zaczyna się gen.