Strata większości tej armady, wiozącej sprzęt, amunicję i posiłki do Lae, rozwiała nadzieje Japończyków na odzyskanie kontroli nad Nową Gwineą.
W roku 1944 Kenney został mianowany dowódcą Amerykańskich Sił Powietrznych Dalekiego Wschodu, w skład których weszły V, XIII i VII Floty USAAF. Po wyzwoleniu Filipin podległe Kenneyowi lotnictwo brało udział w bojach o Iwo Jimę i Okinawę. Samoloty transportowe C-46 i C-47 podległej mu VII Floty były pierwszymi samolotami alianckimi, jakie lądowały w Japonii po podpisaniu przez nią aktu bezwarunkowej kapitulacji w dniu 2 września 1945 roku.
Po wojnie Kenney otrzymał stopień czterogwiazdkowego generała 9 marca 1945 roku, a po zakończeniu działań służył w Europie jako wyższy oficer sztabowy. W kwietniu 1946 został pierwszym dowódcą nowo sformowanego Strategic Air Command (SAC), ale wolał zajmować się politycznymi bojami o uznanie niezależnej United States Air Force. W rezultacie ucierpiała wydajność działań SAC, a w 1948 roku w miejsce Kenneya na dowódcę SAC powołano generała-porucznika Curtisa LeMaya.