Comino to trzecia co do wielkości wyspa obejmująca 0,9% powierzchni archipelagu, powierzchnia wysepki to 3,5 km², szerokość i długość wyspy wynosi średnio około 2 km. Archipelag obejmuje również szereg mniejszych wysp np. Wyspa Manoela, Cominotto i Wyspa Św. Pawła. Znajduje się tu także szereg mikrowysepek np. Filfla, Fungus Rock oraz większych skał wystających z morza.
Geologia
Archipelag ma warstwową strukturę, skały osadowe zostały zdeponowane 40-15 milionów lat temu z Oceanu Tetydy. Kolejność warstw od powierzchni: wapienie koralowe, zielony piaskowiec, niebieska glina, wapień i wapienie koralowe„The maltese cross” – Dennis Castillo, Contributions in military studies (no. 229), s. 7–8, 2006 ISSN 0883-6884.. Wyspy Maltańskie zostały utworzone z osadów morskich – skał osadowych – głównie wapieni koralowych, powstałych w okresie oligo-miocenu.