Po tych wydarzeniach stopniowo lotnictwo Stanów Zjednoczonych zaniechało ataków. Barack Obama, zaprzysiężony na prezydenta 30 stycznia 2009, zezwolił na dalszą kontynuację bombardowań terytoriów Pakistanu zajmowanych przez talibów i rebeliantów Al-Kaidy. Bombardowania znów zaczęły się powtarzać w trakcie pakistańskiej ofensywy w Południowym Waziristanie. W jednym z takich nalotów 5 sierpnia 2009, zginął dowódca pakistańskich talibów Baitullah Mehsud.
W 2010 amerykańskie samoloty wykonały najwięcej nalotów i atakowały przede wszystkim tereny Waziristanu Północnego. Szczególna kulminacja ataków wystąpiła we wrześniu 2010, kiedy to dokonano 26 nalotów, w których zginęło ponad 100 ekstremistów w tym kilka ważnych przywódców Talibanu i Al-Kaidy. in Szejk Fateh, szef Al-Kaidy w Pakistanie i Afganistanie, który był odpowiedzialny za planowanie ataków na miasta Europy. Zdecydowana postawa sił lotniczych USA spowodowała ponowne napięcie w stosunkach z Pakistanem. Pakistan naloty nadal uważał za naruszenie swojego terytorium i przypominał, że siły zachodniej koalicji mają mandat tylko na działania w Afganistanie. W jednym z nalotów 30 września zginęło trzech pakistańskich żołnierzy. Był to jednak nalot helikopterowy, które od tamtego okresu powtarzały się coraz częściej.