Wydział Ćwiczeń i Szkolenia Wydział Analiz Wydział Rozpoznania Grupa Współdziałania – zlikwidowana Wydział Zarządzania Transmisją Danych
Jednostki podległe od 2001: 21 Ośrodek Dowodzenia i Naprowadzania w Warszawie – rozformowany 31 grudnia 2010 od 2002: 22 Ośrodek Dowodzenia i Naprowadzania w Bydgoszczy 1 Centrum Koordynacji Operacji Powietrznych w Bydgoszczy – w 2005 przeniesione do Gdyni 2 Centrum Koordynacji Operacji Powietrznych w Krakowie