Gdy klasztor zwrócił się do kurii o finansowe wsparcie koniecznego remontu obiektów, władze diecezji zaproponowały przejęcie konwentu. Klasztor pozostał jednak w rękach zakonu, a Dom poprawczy zlikwidowano w 1869.
W tym czasie rozproszeniu w znacznym stopniu uległy zbiory archiwalne i biblioteczne. Wiele rękopisów i starodruków trafiło do prywatnych kolekcji, za pośrednictwem antykwariuszy, którzy okradali klasztor przeworski. U schyłku XIX w. nastąpiła pewna poprawa sytuacji. Rozpoczęto pierwsze remonty, wykonano nowy ołtarz główny.
Dwudziestolecie międzywojenne W okresie II Rzeczypospolitej przy klasztornej świątyni funkcjonowały: Trzeci Zakon Św. Franciszka, Franciszkański Związek Misyjny, Pobożne Stowarzyszenie Św. Antoniego. Zakonnicy podejmowali w tym czasie starania o koronację obrazu Matki Bożej Pocieszenia.
II wojna światowa Pod okupacją niemiecką zakonnicy zaangażowali się w działalność patriotyczną. Gwardian klasztoru, o. Rufin Janusz był jednym z kapelanów miejscowego Obwodu Armii Krajowej, a o. Bogumił Migdał działał w tajnym nauczaniu.