W czasie pracy duszpasterskiej w Orle biskup Serafin dwukrotnie był poddawany bezpośrednim represjom. 14 marca 1918 został osadzony w areszcie domowym bez prawa korespondencji, był dwukrotnie przesłuchiwany. 6 lipca tego samego roku Czeka rozpędziła zebranie eparchialne w domu biskupim w Orle, a w samym budynku przeprowadziła przeszukanie. W 1922 biskup Serafin został aresztowany pod zarzutem czynnego sprzeciwiania się akcji konfiskaty kosztowności cerkiewnychTe same zarzuty – uzasadnione lub całkowicie bezpodstawne – w związku z kampanią konfiskat zostały w całym kraju postawione grupie kilkuset prawosławnych duchownych. i w czerwcu tego samego roku skazany na siedem lat więzienia w pełnej izolacji na podstawie sfingowanych oskarżeń. Wyrok został następnie złagodzony do półtora roku. Ostatecznie został zwolniony z więzienia po roku i dziesięciu miesiącach, po czym wrócił do Orła. Według innych źródeł do czynnej działalności duszpasterskiej wrócił dopiero w 1926.
29 maja 1924 został podniesiony do godności arcybiskupiej. Po powrocie do Orła podjął zdecydowaną walkę z Żywą Cerkwią. W grudniu 1926 został aresztowany po raz kolejny i zmuszony do wyjazdu z miasta.