Mają córkę Jasminę.
Działalność polityczna Bakir Izetbegović w czasie wojny w Bośni był osobistym sekretarzem swego ojca, ówczesnego prezydenta kraju. Należał także do Partii Akcji Demokratycznej (SDA).
W latach 1992–2003 był członkiem zarządu SDA w kantonie Sarajewo. W latach 2003–2009 pełnił funkcję wiceprzewodniczącego partii. W 2009 bez powodzenia ubiegał się o urząd przewodniczącego, przegrywając z dotychczasowym liderem Sulejmanem Tihiciem. Wszedł natomiast w skład prezydium SDA.
Od 2000 do 2002 zasiadał w Zgromadzeniu Kantonu Sarajewo. Od 2002 do 2006 był członkiem Izby Reprezentantów Federacji Bośni i Hercegowiny. W 2006 został deputowanym do Izby Reprezentantów Bośni i Hercegowiny (parlamentu centralnego). Wchodził w skład bośniackiej delegacji do Zgromadzenia Parlamentarnego Rady Europy.
W czerwcu 2010 został mianowany kandydatem SDA na urząd członka Prezydium Republiki Bośni i Hercegowiny w wyborach powszechnych. W wyborach 3 października 2010 zdobył mandat, uzyskując 35% głosów poparcia i pokonując dotychczasowego członka Prezydium Harisa Silajdžicia (25% głosów). Przez komentatorów prasowych był określany mianem kandydata bardziej umiarkowanego i bardziej skłonnego do współpracy z pozostałymi dwoma społecznościami.