W ostatnim etapie drużyna gracza odbija pojmanych żołnierzy SAS i niszczy jeszcze jedną niemiecką bazę.
Rozgrywka Hidden & Dangerous 2 oferuje możliwość gry zarówno w trybie trzecioosobowym, jak i pierwszoosobowym, pomiędzy którymi można przełączać się za pomocą skrótu klawiszowego.
Podobnie jak w pierwszej części serii, na początku fabuły gracz wybiera członków swojego oddziału, mając do dyspozycji krótki życiorys, zdjęcie oraz statystyki umiejętności każdego kandydata. Drużyna można liczyć maksymalnie czterech żołnierzy, pomiędzy którymi gracz może przełączać się w dowolnym momencie. W przypadku śmierci jednego z komandosów, po zakończeniu trwającej kampanii istnieje możliwość zrekrutowania nowego członka oddziału. Przed każdą kampanią gracz dobiera broń i wyposażenie dla każdego żołnierza. Ekwipunek podzielony został na dwie części: ekwipunek osobisty żołnierza oraz duży plecak, z którego można przerzucać poszczególne elementy zarówno podczas odprawy przed misją, jak i w czasie akcji. Po każdej misji członkowie oddziału zdobywają punkty doświadczenia, rozwijające ich umiejętności, a także medale i awanse. Przed każdą misją wyświetlana jest odprawa, podsumowująca postawione przed oddziałem zadania i prezentująca graficzne wyobrażenie przyszłego pola bitwy.