Jeszcze w 2001 Vladimírowi Železnemu po uprzednim zatrzymaniu przedstawiono zarzuty oszustw podatkowych i działań na szkodę wierzycieli. W 2002 z powodzeniem wystartował do Senatu z okręgu Znojmo, uzyskując tym samym immunitet parlamentarny, który został mu jednak uchylony w wyniku przeprowadzonego w 2003 w izbie wyższej głosowania.
W wyborach do Parlamentu Europejskiego w 2004 Vladimír Železný kandydował z wystawionej przez siebie listy wyborczej Niezależni, uzyskując mandat deputowanego VI kadencji. W PE przystąpił do eurosceptycznej grupy Niepodległość i Demokracja, a także do Komisji Rozwoju Regionalnego. W 2005 stanął na czele nowego ugrupowania pod nazwą Niezależni Demokraci, w tym samym roku również Europarlament zdecydował o uchyleniu jego immunitetu. W 2007 w pierwszej instancji, a prawomocnie w 2010 został skazany za przestępstwa podatkowe związane z importem obrazów w 1998. Wymierzono mu karę dwóch lat pozbawienia wolności z warunkowym zawieszeniem jej wykonania oraz karę grzywny w wymiarze 250 tysięcy euro.