W kampanii wrześniowej 1939 wziął udział w szeregach macierzystego pułku jako adiutant pułku. 4 września został ciężko ranny pod Szczukami. Z pola bitwy został przewieziony do Szpitala Ujazdowskiego w Warszawie. Po wyjściu ze szpitala wrócił do Ciechanowa. W grudniu 1939 przeniósł się z rodziną do Warszawy.
Od października 1939 w konspiracji. Od 1 czerwca 1941 był komendantem Rejonu II Marymont Obwodu Żoliborz ZWZ-AK. Był także dowódcą działającego w konspiracji 11 pułku ułanów, oraz komendantem jednego z czterech oddziałów konspiracyjnej Szkoły Podchorążych. 3 maja 1944 został awansowany do stopnia majora i odznaczony Złotym Krzyżem Zasługi z Mieczami.
W trakcie powstania warszawskiego dowodził zgrupowaniem „Żmija”. Po upadku Marymontu (14 września 1944) niemieccy żołnierze zamordowali jego teściową, Marię Waliszewską, żonę Zofię i 14-letniego syna Jana. Rozpoznawszy ciała zamordowanych członków rodziny, Rzeszotarski złożył dymisję. Jednak po dwóch dniach, po zranieniu nowego dowódcy zgrupowania, znów objął dowodzenie. Po powstaniu przebywał w obozach: Stalag XI A Altengrabow, Stalag X B Sandbostel, a następnie w Oflagu X C Lübeck.
Po uwolnieniu od 5 sierpnia 1945 służył w 6 pułku pancernym „Dzieci Lwowskich” 2 Korpusu Polskiego.