Po przeniesieniu Johna Fishera na nowe stanowisko, dowódcy Floty Śródziemnomorskiej (Mediterranean Fleet), zażądał on pozostawienia mu jego ulubionego okrętu. W związku z tym, po krótkim, trwającym od maja do lipca 1899 roku remoncie, „Renown” został przetransferowany na Morze Śródziemne. Funkcję okrętu flagowego Floty Śródziemnomorskiej pełnił do roku 1902. W tym czasie, od lutego do maja 1900 roku, przeszedł kolejny remont na Malcie, by powrócić do aktywnej służby po ukończeniu prób, 19 listopada tegoż roku. 20 maja 1902 roku, gdy admirał Fisher opuścił stanowisko dowódcy Floty Śródziemnomorskiej, pancernik pozostał w jej składzie jako zwykły okręt. W tym czasie uczestniczył w manewrach floty u greckich wybrzeży.
Po zakończeniu ćwiczeń „Renown” został odwołany na wody macierzyste i skierowany do stoczni w Portsmouth, gdzie został specjalnie przystosowany do roli jachtu rodziny królewskiej. Między innymi usunięto część dział artylerii średniego kalibru. W listopadzie 1902 roku na jego pokład zaokrętował się książę Connaught z małżonką, odbywający oficjalną podróż do Indii. Trwała ona do marca następnego roku, zaś w kwietniu okręt powrócił w skład Floty Śródziemnomorskiej. W sierpniu, w związku z odstawieniem na remont pancernika „Venerable”, pełnił tymczasowo rolę okrętu flagowego floty podczas manewrów u wybrzeży Portugalii.