dużych uszkodzeń budynku dokonał pożar Ostrowa Tumskiego w 1791 roku.
W 1810 kościół utracił funkcje sakralne, a jego budynek przeznaczono na składnicę zabytków sztuki. W 1818 budynek został gruntownie przebudowany: usunięto sklepienia i wystrój wnętrz, zamurowano gotyckie okna i dokonano podziału na cztery kondygnacje. W powstałych pomieszczeniach otworzono szpital miejski pod wezwaniem św. Anny. W 1837 roku w głębi dziedzińca wybudowano kostnicę. Szpital istniał do lat trzydziestych XX wieku. W kolejnych latach w murach budynku urządzono dom starców, w 1943 roku mieszkały w nim 23 osoby.
Po 1945 W wyniku działań wojennych w 1945 roku budynek został uszkodzony, całkowitemu zniszczeniu uległ gotycki, podzielony blendami, wschodni szczyt budynku. Odbudowany został w 1948 roku, a w latach 1974–1975, według projektu Stanisława Marchwickiego, dokonano kolejnych prac modernizacyjnych.. W 1977 roku odbudowano sąsiednią kostnicę. Ostatnie prace remontowe przeprowadzono w drugiej dekadzie XXI wieku.
Obecnie budynek składa się z prezbiterium z zakrystią od strony południowej i z wyższej i szerszej czterokondygnacyjnej nawy. Budynek pokrywa dwuspadowy, siodłowy dach.