Jej mężem został rosyjski bobsleista Aleksiej Zajcew, z którym jest w związku od połowy 2015 roku.
W styczniu 2017 roku Alija ogłosiła, że spodziewa się dziecka, jednak wciąż planuje powrót do treningu i udział w Igrzyskach Olimpijskich w Tokio. Córka Alii, Alisa Mustafina-Zajcewa przyszła na świat w czerwcu 2017 roku.
W 2018 roku Mustafina potwierdziła plotki na temat rozwodu z mężem.
Kariera zawodnicza
2007 Mustafina dołączyła do kadry juniorek w 2007 roku. W marcu wystąpiła na międzynarodowych zawodach Gymnix w kanadyjskim Montrealu, gdzie zajęła drugie miejsce w wieloboju indywidualnym z notą 58,825. Miesiąc później powtórzyła swój wynik podczas Pucharu Stelli Zacharowej w Kijowie.
We wrześniu Alija wzięła udział w międzynarodowych zawodach juniorek w Jokohamie, gdzie po raz trzeci zajęła drugie miejsce w wieloboju oraz wygrała srebrne medale na wszystkich czterech przyrządach, uzyskując noty 14,750 w skoku, 15,250 na poręczach, 15,450 na równoważni oraz 14,100 w ćwiczeniach wolnych.
2008 Mustafina była częścią kadry narodowej juniorek na Mistrzostwach Europy w Clermont-Ferrand, gdzie zdobyła złoto w wieloboju drużynowym oraz srebro w wieloboju indywidualnym z notą 60,300.