Po zamknięciu biblioteki w sierpniu 1942 roku, Zofia Wędrychowska-Papuzińska potajemnie wypożyczała wycofane przez Niemców książki w swoim mieszkaniu. W jej domu odbywały się tajne zbiórki harcerskie. Po odkryciu przez gestapo miejsca zbiórek, wyprowadziła z domu całą rodzinę, zostając przy rannych harcerzach. Aresztowana wraz z nimi 22 II 1944 r. i wywieziona na Pawiak, została rozstrzelana 26 IV 1944 r. Po wojnie biblioteka wznowiła swoją działalność 1.10.1946 r. jako Biblioteka Publiczna dla Dzieci Nr V w budynku przy ul. Grójeckiej 93. Funkcjonowała na II piętrze szkoły w budynku do połowy spalonym. Kierowniczką biblioteki została Barbara Kwiatkowska – po dwóch miesiącach została aresztowana za ukrywającego się męża, byłego żołnierza AK. W 1947 roku kierowniczką została Sława Łabanowska. Bibliotekarka nawiązała współpracę ze szkołami, zapraszając klasy na wycieczki i lekcje biblioteczne, co spowodowało wzrost liczby czytelników. Prowadzone były różne możliwe formy popularyzujące książki. Placówka została wytypowana przez władze Biblioteki Głównej jako jedna z trzech bibliotek „wiodących”.