Morze Śródziemne Pod koniec sierpnia 1940 roku „York” został skierowany na wschodnią część Morza Śródziemnego, eskortując po drodze wokół Afryki do Suezu konwój AP-1 i na krótko AP-2. 26 września dotarł do Aleksandrii i wszedł w skład 3. Eskadry Krążowników Floty Śródziemnomorskiej (krążowniki lekkie HMS „Gloucester”, „Liverpool” i HMAS „Sydney”). Dowódcą okrętu był komandor Reginald H. Portal. Krążownik brał następnie aktywny udział w licznych operacjach Floty Śródziemnomorskiej, związanych głównie z osłoną konwojów zaopatrzeniowych na Maltę (operacje: MB-5 w dniach 28 września − 3 października, MB-6 – 8−14 października, MB-8 – początek listopada, Collar – 24−29 listopada, MC-2 – 16−24 grudnia 1940 roku, Excess – początek stycznia 1941 roku). Podczas operacji MB-6, w potyczce znanej jako bitwa koło przylądka Passero 12 października 1940 roku, „York” przechwycił i dobił artylerią i dwoma torpedami uszkodzony wcześniej przez krążownik HMS włoski niszczyciel .
W listopadzie 1940 roku „York” ubezpieczał lotniskowiec HMS „Illustrious”, którego lotnictwo pokładowe dokonało ataku na Tarent.