Jako wydawca bądź mecenas wspierał wielu innych artystów (szczególnie twórców młodopolskich), promując światowy kanon literacki w Polsce, a sztukę polską na arenie międzynarodowej.
3 maja 1928 został odznaczony Krzyżem Oficerskim Orderu Odrodzenia PolskiM.P. z 1928 r. nr 111, poz. 176 „za zasługi na polu zagranicznej propagandy kulturalnej”..
Pochowany został na cmentarzu żydowskim przy ulicy Okopowej w Warszawie (tam też znajduje się symboliczny grób jego żony Janiny, którą pochowano w Krakowie na cmentarzu Rakowickim). Jego nagrobek jest dziełem Mieczysława Lubelskiego.
Żoną Jakuba Mortkowicza była pisarka i tłumaczka Janina Mortkowiczowa, córka Gustawa Horwitza i Julii z Kleinmannów oraz siostra Maksymiliana Horwitza (1877–1937) i Kamilli Kancewicz (1879–1952). Ich jedyna córka Hanna Mortkowicz-Olczakowa (1905–1968) była poetką i pisarką. Wnuczka Joanna Olczak-Ronikier (ur. 1934) jest pisarką i scenarzystką, a prawnuczka Katarzyna Zimmerer (ur. 1961) – dziennikarką i pisarką.