W 1939 roku inwestycję znacznie skomplikowały dwie powodzie, w maju i w lipcu. Dane z 26 maja mówią o tym, że o pierwszej w nocy woda osiągnęła wysokość 683 cm przy stanie alarmowym wynoszącym 600 cm. Woda zalała domostwa przy brzegu rzeki i niżej położone. Dostała się także do wykopów na południowym odcinku, po czym przerwała wały i przedostała się do kolejnych odcinków, w wyniku czego powstało jezioro o długości 5 km. Na terenie budowy odnotowano znaczne straty, a prace zostały przerwane. Z jednych miejsc kanału została wypłukana ziemia, a w innych naniesiony namuł. Most na ul. Rybnickiej oraz tymczasowy most kolejowy zostały przerwane. Grobla, na której znajdowały się tory kolei wąskotorowej, została podmyta, a tory wisiały w powietrzu. Jednakże mosty z dźwigarów skrzynkowych zostały umiejscowione, a grobla i torowisko było ułożone, dzięki czemu w nocy ruch został przeniesiony na właściwe torowiska. Informacja prasowa z 19 lipca mówi o zagrożeniu powodziowym, jakie niesie ciągle podnoszący się poziom wody na Odrze. 28 lipca o godzinie 20. poziom rzeki wynosił 735 cm. Po powodzi wodę z terenu budowy przepompowano i powrócono do robót. Prace ostatecznie zakończono 18 grudnia 1942 roku.