Ujęte kobiety i dzieci transportowano do obozów przejściowych w Zamościu, Zwierzyńcu i Budzyniu, gdzie po przeprowadzeniu selekcji rasowej transportowano je dalej zgodnie z grupą kwalifikacyjną do obozów koncentracyjnych, bądź deportowano do pracy przymusowej w III Rzeszy. Dzieci uznane za aryjskie trafiały do niemieckich rodzin adopcyjnych, gdzie miały zostać poddane germanizacji.
Akcja Werwolf powiązana była także z inną akcją o kryptonimie Akcja Ukraińska (niem. Ukraineraktion). W ramach tej akcji na teren powiatu hrubieszowskiego przesiedlono także ok. 7 tys. Ukraińców, którzy czasowo mieli stanowić pas ochronny osłaniający niemieckie kolonie na Rzeszowszczyźnie. Następstwem niemieckich działań przesiedleńczych było wywołanie poważnych napięć między Ukraińcami i Polakami, które doprowadziło do walk między obiema grupami narodowościowymi.