21 stycznia 2015 został wypożyczony na pół roku do niemieckiego FC St. Pauli. W 2. Bundeslidze zadebiutował 7 lutego 2015 w zremisowanym 0:0 meczu z SV Sandhausen, a swoje pierwsze trafienie w Niemczech zaliczył 6 kwietnia 2015 w wygranym 4:0 spotkaniu z Fortuną Düsseldorf. 1 lipca 2015 wypożyczenie przedłużone zostało do końca sezonu 2015/16. 17 marca 2016 Sobota został wykupiony z belgijskiego klubu Club Brugge przez FC St. Pauli, a nowy kontrakt obowiązywał do końca sezonu 2017/2018.
W latach 2020–2022 występował w Śląsku Wrocław. 9 listopada 2022 został zawodnikiem futsalowego, ekstraklasowego klubu Dreman Opole Komprachcice.
Kariera reprezentacyjna W sierpniu 2010 Sobota otrzymał od selekcjonera Stefana Majewskiego powołanie do reprezentacji Polski do lat 23 na spotkania z Uzbekistanem i Iranem. Sobota zadebiutował w drużynie U-23 w meczu z Uzbekistanem 31 sierpnia 2010 (2:0). Wystąpił także w rozegranym 4 września spotkaniu z Iranem (0:2). Pod koniec września 2010 ponownie otrzymał powołanie do reprezentacji Majewskiego. 9 października 2010 wystąpił w kolejnym meczu z reprezentacją Iranu (1:1), a cztery dni później z Walią (2:0).