Po aklimatyzacji do realiów okupacyjnych, po aresztowaniu Jana Piwnika ps. Ponury, od lipca 1942 przydzielony jako dowódca II odcinka „Wachlarza”. Od lutego 1943 komendant Inspektoratu Rejonowego Równe w Okręgu Wołyń AK, na tym terenie operowały dwa oddziały partyzanckie, dowodzone przez cichociemnych: Władysława Kochańskiego ps. Bomba oraz Franciszka Pukackiego ps. Gzyms. Awansowany na stopień kapitana 11 listopada 1943. Od 13 lipca 1943 szef Oddziału III (operacyjnego) Komendy Okręgu Wołyń AK, od 15 stycznia 1944 oficer operacyjny, od 18 kwietnia 1944 szef sztabu 27 Wołyńskiej Dywizji Piechoty. 27 lutego ranny w nogę, po przedostaniu się dywizji na Lubelszczyznę, dopiero 10 lipca przyjechał do Warszawy na leczenie.

W Powstaniu Warszawskim od 2 sierpnia 1944 jako zastępca mjr Jerzego Antoszewicza, dowódcy batalionu „Iwo”, od 29 sierpnia do 9 września w sztabie Podobwodu Śródmieście-Południe. od 9 września dowódca batalionu „Ostoja”, operującego na odcinku taktycznym cichociemnego mjr Narcyza Łopianowskiego ps. Sarna. Po upadku Powstania, od 5 października w niewoli niemieckiej, w oflagu Sandbostel jako „Bazyli Świryd”, następnie w oflagu VII A Murnau. 29 kwietnia 1945 uwolniony przez żołnierzy amerykańskich. Za walki podczas powstania warszawskiego odznaczony Krzyżem Srebrnym Orderu Virtuti MilitariMichał Fijałka, 27.