15 lipca 1945 ożenił się z Tatianą Sołowjewą. W małżeństwie tym przyszły na świat dwie córki. 19 sierpnia tego samego roku arcybiskup talliński i całej Estonii Paweł wyświęcił go na diakona. Służył w cerkwi Narodzenia Matki Bożej w Tallinnie. 8 lutego 1948 nowy arcybiskup talliński Izydor udzielił mu święceń kapłańskich, kierując równocześnie do parafii św. Marii Magdaleny w Haapsalu. W 1951 ks. Wiaczesław Jakobs zaocznie ukończył seminarium duchowne w Leningradzie i został przeniesiony do eparchii wołogodzkiej, gdzie służył do 1957Biogram w serwisie Patriarchatu Moskiewskiego..
27 lutego 1957 został aresztowany i oskarżony o antyradziecką agitację. Podstawą do aresztowania było przechowywanie przez duchownego książek o treści religijnej oraz prowadzenie rozmów o wierze. 16 maja 1957 sąd obwodowy w Wołogdzie skazał go na 10 lat łagru. Karę odbywał w obozach w Mordowii (Dubrawłag). Ostatecznie 12 września 1960 Sąd Najwyższy skrócił wyrok do pięciu lat;