Układ biblioteki wzorowano na księgozbiorze uniwersyteckim w Lejdzie.
W Gimnazjum uczyli się torunianie oraz młodzież mieszczańska i szlachecka wyznania protestanckiego, pochodząca z Polski, Litwy, Śląska, Pomorza Zachodniego i Węgier. Wielu absolwentów Gimnazjum studiowała na uniwersytetach, głównie we Frankfurcie nad Odrą, Królewcu, Lipsku i Wittenberdze. Wyedukowani na zachodnich uniwersytetach profesorowie uczestniczyli w naukowym, religijnym i kulturalnym życiu Torunia. Szkołę ukończyli m.in. burmistrz i historyk Torunia Jakub Henryk Zerneke, matematyk i inżynier Adam Freytag, fizyk i pedagog Michał Jan Hube, anatom, lekarz i fizyk Samuel Thomas von Sömmering, prezydent i historyk Karol Gotthelf Praetorius, gdański teolog i pedagog Jan Wilhelm Linde oraz jego brat językoznawca Samuel, księgarz, drukarz i wydawca Ernst Lambeck, działacz narodowy Ludwik Romuald Slaski. W 1660 roku odbyła się dysputa szkolna, podczas której prawdopodobnie po raz pierwszy na ziemiach polskich potwierdzono teorię heliocentryczną Mikołaja Kopernika. Wśród wykładowców Gimnazjum byli m.in. kaznodzieja w kościele św. Jerzego Michał Bogusław Ruttich, poeta łaciński Ulryk Schober, historyk Krzysztof Hartknoch, poeta Jan Rybiński, pastor w kościele św.