Ataki lotnicze wyrządziły ciężkie szkody, duża część centrum miasta została całkowicie zniszczona, ruiny częściowo historycznych domów mieszczańskich zostały później rozebrane. Kościół św Michała (St. Michael) przetrwał wojnę mocno uszkodzony, kościół uniwersytecki został całkowicie zniszczony (ruiny rozebrano w 1956 r.). Naloty uszkodziły jego wieżę, jak też budynki Collegium. Częściowo zniszczony został ratusz, całkowicie biblioteka uniwersytecka, której pozostałości rozebrano. Abbeanum doznało ciężkich szkód, odbudowano je w roku 1951. Całkowicie zniszczonych zostało sześć instytutów uniwersyteckich, częściowo wiele klinik przy ulicy Bachstrasse.
15 października 1945 r. uniwersytet jako pierwsza niemiecka uczelnia wznowił działalność. W roku 1946 przedsiębiorstwa Zeiss i Schott zdemontowano w 94% i wraz z ponad 300 specjalistami z obu fabryk wywieziono do ZSRR. W 1950 r. utworzono zakład farmaceutyczny . W czasach NRD miasto należało od 1952 r. do okręgu Gera.
W czasie powstania robotniczego z 17 czerwca 1953 przeszło 30 000 mieszkańców protestowało przeciw polityce rządu NRD.