Od 1794 r. na uniwersytet powołano Johanna Gottlieba Fichtego, a cztery lata później Friedricha Wilhelma Josepha Schellinga. W latach 1801–1807 nauczał tu Georg Wilhelm Friedrich Hegel, dzięki czemu Jena stała się głównym ośrodkiem niemieckiej filozofii idealizmu. Uniwersytet słynął ze szczególnego liberalizmu, jednak od 1800 r. jego renoma stopniowo się obniżała w wyniku odejścia sławnych wykładowców (w 1799 r. zwolnienie Fichtego).

XIX wiek 14 października 1806 r. w bitwie pod Jeną-Auerstedt Napoleon Bonaparte pokonał wojska pruskie i saskie. Bitwa stoczona na wzgórzach przed miastem spowodowała spore szkody. Przeciwko rządom napoleońskim zrodził się silny opór, szczególnie wśród studentów, którzy w 1813 r. tłumnie wstępowali do wolnego korpusu Lützowa.

W 1815 r. utworzono w Jenie pierwszy burschenschaft, wolność prasy w księstwie dała okazję do walki o zjednoczenie narodu. – manifestacja studentów niemieckich z 1817 r. – wyszedł z jeńskiego uniwersytetu i wzbudził nieufność niemieckich rządów konserwatywnych. Za pretekst do wprowadzenia wzmocnionej kontroli prasy posłużyło władzom zamordowanie Augusta von Kotzebue przez Karla Ludwiga Sanda, studenta teologii, w 1819 r.