Kraj związkowy Brandenburgia zlecił Senatowi Założycielskiemu, złożonemu z 16 wybitnych międzynarodowych naukowców, opracowanie koncepcji nowego uniwersytetu we Frankfurcie, w efekcie czego Uniwersytet Europejski Viadrina został założony 15 lipca 1991. Uroczystość otwarcia miała miejsce 6 września 1991, zaś pierwszy rok akademicki rozpoczął się 19 października 1992. Pierwszym Rektorem został prof. dr Knut Ipsen z Uniwersytetu Ruhry w Bochum. Viadrina wkrótce stała się uczelnią transgraniczną, kiedy 10 czerwca 1998 otwarto Collegium Polonicum w Słubicach jako jednostkę wspólną z Uniwersytetem im. Adama Mickiewicza w Poznaniu.
Uczelnia nawiązuje do historii pierwszej frankfurckiej uczelni – Uniwersytetu Viadrina (niem. Brandenburgische Universität Frankfurt), funkcjonującego w latach 1506–1811, kontynuując jego tradycje. Prawnym następcą dawnego uniwersytetu jest jednak dzisiejszy Uniwersytet Wrocławski.
Nazwa Viadrina pochodzi z łaciny i oznacza po polsku ‘odrzańska’, stanowiąc nawiązanie do Uniwersytetu Viadrina (1506–1811).
Senatorzy-założyciele w latach 1991–1993 (z podaniem przynależności w chwili członkostwa w Senacie)Źródło informacji: Präsidialbüro, Europa-Universität Viadrina Frankfurt (Oder), Große Scharrnstraße 59, 15230 Frankfurt (Oder).: