Pierwszy tytuł zdobyła w Wimbledonie 2001 razem z Leošem Friedlem, drugi w Australian Open 2002 z Kevinem Ullyettem, a kolejne dwa w 2005: we French Open z Fabrice’em Santoro i US Open z Maheshem Bhupathim. Tylko raz nie wygrała finału gry mieszanej – w Wimbledonie 2002 z Zimbabwejczykiem Ullyetem zostali pokonani przez Bhupathiego i Jelenę Lichowcewą.
Od 1999 roku regularnie broniła barw Słowacji w rozgrywkach o Puchar Federacji. W 2002 doprowadziła swoją drużynę do zwycięstwa. Słowaczki w finale na Gran Canaria pokonały Hiszpanki. Hantuchová zdobyła dwa punkty po meczach z Conchitą Martínez i Magüi Serna. W składzie zwycięskiej ekipy zagrały jeszcze Janette Husárová, Henrieta Nagyová i Martina Suchá. W 2002 Słowacja po raz pierwszy i jak do tej pory jedyny wygrała Puchar Federacji. Później nie udało im się już przekroczyć fazy ćwierćfinałów Grupy Światowej.
Trzykrotnie reprezentowała Słowację w rozgrywkach o Puchar Hopmana. W 2003 i 2005 została mistrzynią tego turnieju, w 2004 musiała zadowolić się finałem. Obydwa zwycięstwa wywalczyła u boku Dominika Hrbatego, a w finałach pokonywali najpierw Włochów: Davide Sanguinettiego i Silvię Farinę Elię, a potem Argentyńczyków: Guillermo Corię i Giselę Dulko.