W 1919, gdy po 10 kolejkach San Isidro z 8 rozegranymi meczami zajmował w tabeli 4 miejsce, doszło do kolejnego rozłamu. Klub wziął udział w rozgrywkach zorganizowanych przez Asociación Amateurs de Football, gdzie zajął odległe 13 miejsce. Następne sezony nie były lepsze - w 1920 9 miejsce, a w 1921 przedostatnie, 19 miejsce. W kolejnych trzech sezonach zespół plasował się w okolicach środka tabeli. Potem było jeszcze gorzej - w 1925 23 miejsce i w 1926 22 miejsce.
W połączonej już lidze San Isidro zajął w 1927 roku odległe 32 miejsce. Następne trzy sezony były równie słabe. W 1931 doszło do kolejnego podziału na mistrzostwa organizowane przez federację uznawaną przez FIFA oraz na ligę zawodową. San Isidro wziął udział w mistrzostwach amatorskich, które zorganizowała federacja mająca międzynarodowe uznanie. Klub jednak wycofał się z rozgrywek rozegrawszy zaledwie 4 mecze, które zostały anulowane.
San Isidro grał w pierwszej lidze przez 26 sezonów - rozegrał 573 mecze (12 anulowanych), w tym 208 zwycięstw (5 anulowanych), 122 remisów (1 anulowany) i 243 porażki (6 anulowanych) zdobywając 538 punktów (11 anulowanych).