Mimo uzyskania legalizacji wyznania od 1992 roku zdarzyły się 215 wypadki usunięcia z pracy nauczycieli będących Świadkami Jehowy, którzy odmówili uczestniczenia w seminarium o charakterze politycznym. Ze szkół wyrzucono również 118 uczniów, którzy odmawiali śpiewania hymnu państwowego. Po trwających wiele miesięcy rozmowach przedstawicieli Biura Oddziału z władzami większość dzieci powróciła do szkół. Większość szkół w Rwandzie jest powiązana z organizacjami religijnymi. Część z nich wymaga od uczniów, żeby brali udział w praktykach religijnych i płacili podatki na rzecz kościoła. Ponieważ dzieci będące Świadkami Jehowy tego odmawiają, od roku 2008 do 2014 władze szkolne wydaliły 160 z nich. 28 listopada 2014 roku w dystrykcie Karongi sąd podtrzymał prawo do wolności religijnej ośmiorga uczniów, będących Świadkami Jehowy i ich podyktowanej sumieniem odmowy uczestniczenia w lekcjach religii, a także orzeczono, iż nieśpiewanie hymnu „nie powinno być traktowane jako profanacja czy lekceważenie”. 12 grudnia 2015 roku w rozporządzeniu rządowym stwierdzono, że każda szkoła ma respektować prawo uczniów do wolności wyznania oraz umożliwiać im modlitwę zgodnie z ich przekonaniami, pod warunkiem że ich związek wyznaniowy lub kościół jest prawnie zarejestrowany i nie koliduje to z nauką w szkole.