Tiso u Adolfa Hlitlera Ďurčanský przedstawił liderowi nazistów swoją koncepcję niezależnego państwa słowackiegoVojtech Mastny, The Czechs under Nazi Rule: The Failure of National Resistance 1939–1942, New York: Columbia University Press, 1971.. Zwolennicy poglądów Ďurčanskiego z tzw. „młodego pokolenia” byli wówczas licznie reprezentowani we władzach Słowackiej Partii Ludowej.
Po układzie monachijskim (1938) i ogłoszeniu autonomii Słowacji Ďurčanský pełnił różne funkcje ministerialne w rządzie autonomicznym: minister sprawiedliwości, zdrowia i opieki społecznej, robót publicznych i transportu. Wraz z ks. Tiso uczestniczył w pierwszym arbitrażu wiedeńskim. W dniu ogłoszenie niepodległości Republiki Słowackiej (14 marca 1939) został powołany na stanowisko ministra spraw zagranicznych i spraw wewnętrznych. Już w czerwcu 1940 r. został jednak od naciskiem Hitlera w ramach tzw. zdymisjonowany, ponieważ próbował prowadzić politykę uniezależnienia się Słowacji od Niemiec oraz miał w swym otoczeniu zbyt wielu Żydów (mimo wydania przez Ďurčanskiego rozporządzeń dotyczących m.in. oznakowania sklepów żydowskichChristopher R. Browning, The Origins of the Final Solution: The Evolution of Nazi Jewish Policy, University of Nebraska Press, s.