Od 1980 roku CNI, które zastąpiło DINA, nie brało już ludzi do miejsc zatrzymań, ofiary tych zatrzymań nie zostały więc uwzględnione w Raporcie. Powoduje to, że podawana przez Raport proporcja 67,4% przypadków nadużyć, które miały miejsce w 1973 roku nie może być uznana za wiarygodną. Np. Carmen Gloria Quintana, która została spalona żywcem w połowie lat ’80, nie została uznana za ofiarę tortur według kryteriów tej komisji. Zatrzymania musiano dokonać na terenie kraju (z wyjątkiem operacji Kondor). Zatrzymania musiała dokonać DINA, chilijska tajna policja, co wyłączyło z Raportu wszystkie tortury dokonane przez armię lub zwykłą policję.
Związek Więźniów Dyktatury podkreślał też fakt, że komisja przesłuchiwała tylko przez pół roku przy małym nagłośnieniu medialnym w kraju. Stało się to wbrew wytycznym Narodów Zjednoczonych postulujących, aby przedłużono okres przesłuchań. Na prowincji jedynym sposobem uzyskania informacji o przeprowadzaniu przesłuchań był Internet. Osoby z prowincji, które zdołały dowiedzieć się o pracach komisji musiały zeznawać w obecności lokalnych władz, w których nadal często zasiadali ci sami politycy, którzy wcześniej sami uczestniczyli w aparacie terroru.