Przedmiotem ożywionej dysputy jest także kwestia wpływu informacji przekazywanych przez szpiegów na rozwój radzieckiego programu nuklearnego. Sposób, w jaki zarządzający nim Wiaczesław Mołotow prowadził go, spowodował że pojawiły się skargi na jego opieszałość. To spowodowało, że funkcję głównego administratora prac badawczych przejął latem 1945 Ławrientij Beria. Sprowadzenie w tym czasie dwóch grup niemieckich fizyków, którym przewodzili Manfred von Ardenne i Gustaw Hertz wpłynęło pozytywnie na przebieg prac. Fizycy niemieccy skarżyli się jednak na ciężkie warunki życia i pracy. Interwencja u Berii spowodowała, że warunki uległy poprawie, zezwolono uczonym na swobodne poruszanie się po ośrodku, a nawet i na wyjście do miasta. Nie obyło się bez incydentów jednak prof. Igor Gołowin zastępujący Igora Kurczatowa napisał o Berii: Narady nie trwały godzinami, wszystkie decyzje podejmowane były szybko. Największe nasilenie prac przypadło na lata 1945-1947 i wtedy wyraźnie odczuwaliśmy jego przywództwo. Czytał nasze raporty szybko, a jeśli miał wątpliwości, zwracał się o wyjaśnienia. Działalność radzieckiego wywiadu, w tym tzw. szpiegów atomowych, miała wpływ na skrócenie czasu budowy przez ZSRR broni termojądrowej.