Od 20 stycznia 1940 do 19 lutego 1941 pracował równocześnie w Polskim Czerwonym Krzyżu w Krakowie; od marca 1942 był nauczycielem w polskiej szkole handlowej męskiej. W lutym 1944 podjął pracę na tajnym uniwersytecie, prowadząc kurs języka greckiego i wykład z literatury greckiej. W 1946 przeprowadził się do Łodzi zostając Profesorem nadzwyczajnym Uniwersytetu Łódzkiego, a następnie kierownikiem Katedry Filologii Klasycznej Uniwersytetu Łódzkiego w latach 1946–1953. W 1953 przeniósł się na Uniwersytet Wrocławski, w 1955 objął Zakład Kultury Antycznej przy Katedrze Filologii Klasycznej. W 1956 został mianowany profesorem zwyczajnym Uniwersytetu Wrocławskiego, a po pięciu latach pracy przeszedł na emeryturęzarys biografii.
16 sierpnia 1925 zawarł małżeństwo z Felicją Teresą z Kęszyckich (zm. 1986), historyczką i pedagogiem: z tego związku urodził się syn Edward (ur. 1926), późniejszy geograf, pracownik Biblioteki Jagiellońskiej, i córka Janina (ur. 1928), później farmaceutka, po mężu Smorawińska. Wnuczką Jerzego Schnaydera była Ewa Bąkowska.