W każdej z nich nagroda jest rotacyjnie przyznawana w kategoriach: nauki podstawowe nauki biologiczne nauki matematyczne Ziemia i wiedza o planetach, astronomia i astrofizyka nauki przyrodnicze kognitywistyka (przyznana jednorazowo w 1988 roku) zaawansowane technologie elektronika biotechnologia i technologia medyczna nauki materiałowe i inżynieria nauki informacyjne sztuka i filozofia muzyka sztuka kino i teatr filozofia i etyka
Każdego roku Fundacja Inamori kontaktuje się z ekspertami z całego świata, z dziedzin objętych nagrodą, z prośbą o nominacje. Listę nominowanych osób najpierw weryfikują trzy komitety selekcyjne (po jednym na każdą z dziedzin), potem trzy kolejne wybierają ostateczną listę nominowanych na podstawie bardziej szczegółowych kryteriów. Ta trafia do komitetu wykonawczego, który patrząc z szerszej perspektywy i kierując się filozofią nagrody, wybiera laureatów, ostatecznie zatwierdzanych przez zarząd fundacji.